마크로젠

고부가 연구 영역에서는 싱글셀 멀티오믹스 분석을 제공한다. 이는 세포 하나하나에서 유전자 발현과 변화를 읽어 세포 간 차이, 희귀 세포군, 면역 특성 등을 살피는 서비스다. 조직 해리부터 시료 품질검사, 라이브러리 제작, 시퀀싱, 데이터 분석까지 이어지는 전 과정을 제공한다. 분석 서비스는 시료 수와 분석 난이도, 장비 가동률, 시약·소모품 비용, 분석 인력 활용도에 따라 수익성이 달라지는 성격을 지닌다. 연구용 대량 분석과 임상·소비자 검사, 데이터 해석 서비스가 함께 돌아가므로 단순 처리 건수뿐 아니라 고난도 분석의 비중과 반복 수요가 사업의 질을 가르는 변수다.

주력 사업은 차세대 염기서열 분석(NGS)과 캐필러리 전기영동 시퀀싱(CES) 기술을 활용한 유전체 분석 서비스로, 전체 매출의 90% 가까이를 차지하는 핵심 캐시카우다. 연구기관, 병원 등을 대상으로 하는 B2B 사업이 중심이지만, 최근에는 일반 소비자를 대상으로 하는 DTC(Direct-to-Consumer) 유전자 검사 시장으로도 보폭을 넓히고 있다. 유전체 분석 외에도 올리고(Oligo) 합성, 유전자 변형 마우스(GEM) 제작, 마이크로바이옴 분석 등 다양한 바이오 연구 서비스를 제공하며 사업 포트폴리오를 다각화하고 있다. 특히 코로나19 팬데믹 당시에는 진단 시약 원료인 올리고 수주가 급증하며 실적 성장에 기여하기도 했다. 축적된 유전체 빅데이터와 인공지능(AI) 기술을 결합하여 새로운 부가가치를 창출하는 데이터 기반 비즈니스를 미래 성장 동력으로 삼고 있다. 국내 최대 규모의 '국가 통합 바이오 빅데이터 구축 사업'에 참여하는 등 데이터 플랫폼 기업으로의 전환을 꾀하며 신약 개발, 맞춤형 헬스케어 솔루션 제공 등 고부가가치 사업으로 확장을 추진 중이다.

▲ 핵 염색과 세포 경계 추정 분석 과정 — 원본 출처^[1]

▲ 유전체 분석에 쓰이는 시퀀싱 장비 구성 — 원본 출처^[2]

유전체 분석은 정부기관·대학교·연구소의 연구 서비스, 제약·바이오 기업과 연구소를 위한 싱글셀·공간오믹스 분석, 환자와 의료진을 위한 임상 분석, 일반인을 위한 DTC 검사로 고객군이 나뉜다. 마크로젠은 이처럼 연구에서 임상, 개인 유전체까지 이어지는 수요를 한 분석 인프라 안에서 다룬다. 싱글셀 분석은 세포 단위의 유전자 발현과 변화를 읽어 암의 진행 과정, 줄기세포, 세포치료제 선별 등의 연구에 쓰인다. 공간오믹스는 조직 안에서 분자가 어느 위치에서 발현되는지까지 함께 읽는 분석이다. 2026년 9월 회사는 10x Genomics의 공간생물학 분석 플랫폼 ‘Atera’를 아시아 최초로 도입했다고 발표했다. 1만8천 개 이상 유전자의 발현을 공간 정보와 결합해 분석할 수 있는 장비로, 송도글로벌지놈센터의 유전체·싱글셀·공간전사체 분석 포트폴리오에 더해졌다. 이는 정밀의료와 신약개발 연구 고객을 향한 분석 선택지를 넓힌 사건으로 볼 수 있다.

한 사람의 모든 유전 정보를 해독하는 비용이 1억 원을 넘던 시절을 지나 이제는 100달러 수준으로 떨어지는 '100달러 게놈 시대'가 도래하면서, 유전체 분석 시장은 폭발적인 성장을 목전에 두고 있다. 과거 연구자들의 전유물이었던 유전체 분석 기술이 대중화되면서 질병 예측, 맞춤형 치료, 신약 개발 등 활용 분야가 무궁무진하게 넓어지고 있다. 글로벌 유전체 분석 시장은 연평균 10%가 넘는 가파른 성장세를 보이며 2033년에는 약 29.5억 달러 규모에 이를 것으로 전망된다. 특히 북미가 시장을 주도하는 가운데, 아시아 태평양 지역이 가장 빠른 성장세를 보일 것으로 예상되어 국내 기업들에게 새로운 기회의 땅이 되고 있다. 기술력의 상향 평준화로 이제 시장의 경쟁 구도는 단순히 염기서열을 빨리, 싸게 읽어내는 것을 넘어, 방대한 유전체 데이터를 어떻게 해석하고 활용하여 가치 있는 정보를 만들어내느냐의 싸움으로 변모하고 있다. 결국 누가 더 많은, 그리고 더 다양한 인종의 데이터를 확보하여 데이터 경쟁력에서 우위를 점하느냐가 미래 시장의 승패를 가를 핵심 변수가 될 전망이다.

▲ CosMx 공간 분자 이미징 장비 — 원본 출처^[3]

▲ 10x Genomics 공간 분석 장비 — 원본 출처^[4]

DTC 유전자 검사 서비스 '젠톡(GenTok)'은 마크로젠이 B2C 시장을 공략하기 위해 내놓은 야심작이다. 과거에는 병원을 통해서만 받을 수 있었던 유전자 검사를 이제는 집에서 타액 채취만으로 간편하게 받아볼 수 있게 된 것이다. 영양소, 운동 특성, 피부/모발, 식습관, 개인 특성 등 약 70여 개 항목에 대한 분석 결과를 제공하며, 마치 내 몸의 숨겨진 코드를 해독하는 듯한 재미를 선사한다. 이는 단순히 유전적 특징을 알려주는 것을 넘어, 삼성헬스와 같은 건강관리 앱과 연동하여 개인 맞춤형 건강관리 가이드를 제공하는 디지털 헬스케어 플랫폼으로 진화하고 있다.

DTC 유전자 검사 서비스 ‘젠톡(GenTok)’은 마크로젠이 일반 소비자와 만나는 건강관리 플랫폼이다. 유전자 분석으로 타고난 특성을 살피고, 마이크로바이옴 분석으로 현재 건강 상태를 모니터링하는 구성을 내세운다. 앱에서 검사 신청부터 결과 확인, 건강 팁 확인까지 이어지도록 설계해 검사 결과를 일회성 정보보다 생활관리의 출발점으로 쓰려는 서비스다. 2026년 3월 회사는 ‘젠톡 플러스’의 분석 항목을 175종으로 확대하고, 혈통 분석 서비스 ‘진루트’와 ‘젠톡 올인원’을 출시했다고 밝혔다. 소비자 검사 시장의 반응은 항목 수뿐 아니라 결과를 얼마나 이해하기 쉽게 설명하고 건강 습관 변화로 연결하느냐에 달려 있다. 따라서 젠톡은 유전자검사 판매와 함께 데이터 기반 건강관리 경험을 넓히려는 B2C 실험의 성격도 갖는다.

▲ GenTok 개인 유전체 검사 키트 — 원본 출처^[5]

마크로젠은 '글로벌 AI 유전체 데이터 기업'으로의 변신을 선언하며 인공지능 기술에 전사적인 역량을 집중하고 있다. 수십 년간 쌓아온 방대한 유전체 데이터를 AI로 분석하여 질병을 예측하고, 개인에게 최적화된 치료법과 건강관리 솔루션을 제공하는 것이 핵심이다. 최근 강북삼성병원과 함께 '페놈데이터 기반 AI 주치의' 개발 국책과제에 착수했으며, 이는 AI가 개인의 유전체 정보와 생활 습관 데이터를 종합 분석하여 평생 건강을 관리해주는 시대를 열겠다는 포부다. 2026년을 기점으로 본격적인 흑자 체질로 전환될 것이라는 기대감도 나온다.

2025년 9월 강북삼성병원 등 9개 기관이 참여한 ‘AI 기반 맞춤형 케어서비스 융합 선도’ 국가과제 계약을 체결했다. 마크로젠은 이 과제에서 전향적·후향적 데이터 분석, 질병 특화 위험지표, 다유전자위험점수(PRS) 알고리즘, 다차원 데이터 통합분석을 맡는다. ‘페놈데이터 기반 AI 주치의’라는 목표는 유전체와 건강 데이터를 연결하려는 방향을 보여주지만, 과제 수행과 상용화·매출 기여는 구분해 볼 필요가 있다. AI는 분석 서비스의 결과 해석과 개인화 수준을 높일 수 있는 성장축이지만, 의료적 유용성 검증과 개인정보·규제 대응, 실제 이용자 수요가 함께 따라야 한다. 연구 협력의 발표만으로 지속적인 수익 모델이 완성됐다고 보기는 이르다.

6.1기대와 우려

[기대] 2025년 흑자 전환에 성공하며 실적 턴어라운드에 대한 기대감이 높아지고 있다. 국가 주도의 대규모 바이오 빅데이터 구축 사업 참여와 싱글셀, 공간전사체 등 고부가가치 분석 서비스의 성장이 실적 개선을 이끌었다. 2026년 송도 글로벌 지놈센터가 본격 가동되면 규모의 경제를 통해 유전체 분석 비용을 획기적으로 낮춰 시장 지배력을 더욱 강화할 것으로 기대된다. [기대] AI 기반 정밀의료 기업으로의 전환이 가속화되고 있는 점도 긍정적이다. 삼성전자와의 파트너십을 통해 개인 건강관리 플랫폼 '젠톡'을 삼성 헬스에 탑재하여, 유전체 데이터와 일상생활 데이터를 연동한 개인 맞춤형 헬스케어 솔루션 시장을 선점해 나갈 것으로 보인다. 이는 향후 데이터 기반의 구독 경제 모델로 확장될 수 있는 잠재력을 가지고 있다. [기대] 2026년 상반기 연결 기준 매출은 962억9,577만 원, 영업이익은 1억8,894만 원, 당기순이익은 34억7,250만 원이다. 전년 동기 영업손실 45억7,418만 원과 당기순손실 54억3,830만 원에서 손익이 개선된 점은 투자자들이 주목할 변화다. [기대] 2026년 6월 준공한 송도글로벌지놈센터는 연면적 1만8,500㎡, 8층 규모의 분석 거점이다. 회사는 유전체·전사체·단일세포·공간전사체 분석을 위한 자동화·표준화 설비와 로봇 기반 공정을 도입하겠다는 계획을 밝혔다. 대규모 분석 처리와 데이터 해석을 한곳에 모으려는 인프라 확장은 장기 성장 기대의 근거가 된다. [우려] 고부가가치 서비스의 핵심 재료인 시약의 단가 변동성은 여전히 잠재적인 리스크로 남아있다. 또한, 글로벌 유전체 분석 시장의 경쟁이 심화되고 있어, 지속적인 연구개발 투자와 기술 초격차 확보 없이는 현재의 시장 지위를 유지하기 어려울 수 있다는 우려도 존재한다. [우려] 상반기 영업이익 규모는 아직 1억 원대다. 센터의 자동화와 규모의 경제가 실제 원가 절감과 안정적 이익으로 이어지는지는 가동률, 수주 구성, 시약·소모품 비용, 인력 운용을 통해 확인해야 한다. [우려] 글로벌 유전체 분석 시장의 경쟁은 장비 도입만으로 끝나지 않는다. 고난도 분석의 품질, 데이터 해석력, 연구·임상 고객의 반복 수요를 동시에 확보하지 못하면 지속적인 연구개발 투자 부담이 커질 수 있다.

7.1최신 연결 실적

2026년 상반기 연결 기준 매출은 전년 동기보다 7.1% 늘었고, 영업손익과 당기순손익은 모두 흑자로 돌아섰다. 다만 반기 누적 수치이므로 연간 실적과 같은 의미로 읽기는 어렵다.

7.22025년 실적 흐름

2025년 1분기에는 매출 409억 원을 기록했으나 당기순손실 41억 원을 냈다. 송도글로벌지놈센터 건설 등 미래 성장을 위한 투자가 이어진 시기라는 해석이 뒤따랐다.

같은 해 3분기 누적 기준으로는 매출 773억 원, 영업이익 22억 원, 순이익 40억 원을 기록했다는 흐름이 제시됐으며, 국가통합바이오빅데이터 구축 사업과 싱글셀·공간전사체 분석 수요가 하반기 개선 요인으로 거론됐다. 연간으로는 회사가 2025년 연결 매출 약 1,953억 원과 영업이익 흑자전환을 발표했다.

2026년 2월 회사는 2025년 결산 보통주 1주당 500원의 현금배당을 결정했다. 전년 300원보다 66.7% 높아진 수준이며, 2020년 결산 이후 6년 연속 현금배당이라는 주주환원 흐름도 이어졌다.

8.1최근 주주 구성

마크로젠은 창업자인 서정선이 최대주주와 경영진의 핵심 축을 이루어 온 기업이다. 창업자가 서울대학교 의과대학 교수 출신의 한국 바이오 산업 1세대 기업가로 꼽힌다는 역사적 맥락은 회사의 정체성과 연결된다. 다만 최근 주주 구성은 정기보고서와 최대주주등소유주식변동신고서의 기준일, 특수관계인 합산 범위, 자기주식 보유 현황에 따라 달라질 수 있다. 개인별 지분율이나 최대주주 측 합산 지분율은 해당 공시의 최신 기준일과 함께 확인하는 것이 적절하다.

서정선(17.49%) 마크로젠의 창업자이자 대표이사다. 서울대학교 의과대학 교수 출신으로, 한국 바이오 산업의 1세대 기업가로 꼽힌다. 서수현(1.82%) 최대주주 서정선의 자녀다. 이은화(0.70%) 최대주주 서정선의 배우자다. 기타 특수관계인(0.13%) 김창훈 공동 대표이사를 비롯한 등기임원들이 일부 지분을 보유하고 있다. 자사주(비중 정보 없음) 회사가 보유하고 있는 자기 주식이다. 그 외 5% 이상 주주는 보고되지 않았으며, 소액주주들이 나머지 지분을 보유하고 있다.

8.2지분 변동 히스토리

최대주주 일가의 주식 증감과 회사·해외법인 관련 지분 거래는 보유 주식 수, 의결권, 거래 상대방, 계약 조건을 나누어 볼 필요가 있다. 단순 지분율의 오르내림만으로 지배력 변화나 사업적 의미를 단정하기보다는, 공시상 변동 사유와 특수관계인 합산 기준을 함께 살펴야 한다.

최대주주인 서정선 대표이사와 특수관계인의 총 지분율은 20.17% 수준을 유지하고 있으며, 최근 지분율에 큰 변동은 없는 것으로 파악된다. 2025년 3월, 최대주주의 자녀인 서수현의 보유 주식 수가 67,500주에서 197,500주로 증가했으나, 이는 최대주주 지위 자체에 영향을 미칠 만한 변동은 아니었다. 2025년 10월, 자회사인 소마젠의 지분 일부(135,105주)를 지놈포미와의 투자계약에 따라 장외매도했으나, 여전히 54.08%의 지분을 보유하며 안정적인 지배력을 유지하고 있다.

9.1Psomagen, Inc. (소마젠)

Psomagen, Inc.는 북미 시장을 향한 유전체 분석 거점으로 소개된다. 일본법인은 현지 고객을 대상으로 유전체 분석 서비스를 제공하며, 연구·의료·소비자 검사 수요에 대응하는 지역 창구 역할을 한다. Macrogen Asia Pacific은 싱가포르를 기반으로 아시아태평양 분석 프로젝트에 참여한다.

미국에 본사를 둔 유전체 분석 전문 기업으로, 마크로젠의 북미 시장 공략을 위한 핵심 거점 역할을 수행한다. 미국 정부 및 글로벌 연구재단 프로젝트 수주가 지속적으로 확대되고 있으며, CLIA(미국실험실표준인증) 및 CAP(미국병리학회) 인증을 기반으로 높은 품질의 임상진단 서비스를 제공한다. 2025년부터 마크로젠의 연결 자회사로 편입되어 그룹 전체의 실적 성장에 긍정적인 영향을 미치고 있다.

9.2Macrogen Japan Corp.

2007년 설립된 일본 법인으로, 현지 유전체 분석 시장에서 점유율 1위를 차지할 만큼 탄탄한 입지를 구축하고 있다. DTC(소비자 직접 의뢰) 유전자 검사 서비스 'ChatGENE'를 통해 일본 내 B2C 시장을 적극적으로 공략하며, 글로벌 데이터 풀 확대에 기여하고 있다. 안정적인 수익 창출을 통해 마크로젠의 글로벌 실적에 꾸준히 기여하고 있는 핵심 자회사 중 하나다.

9.3Macrogen Europe B.V.

네덜란드 암스테르담에 위치한 유럽 법인으로, 유럽 전역에 고품질의 유전체 분석 서비스를 제공하는 '지놈슈퍼센터'를 운영하고 있다. 벨기에, 이탈리아, 프랑스, 독일 등 유럽 주요 국가에 진출하여 현지 연구기관 및 의료기관과의 협력을 강화하며 시장 점유율을 확대해 나가고 있다. 향후 미국 시장과 함께 마크로젠의 글로벌 성장을 이끌 주요 전략 지역으로 주목받고 있다.

삼성전자삼성전자와는 유전체 데이터 기반 헬스케어 서비스 개발을 위한 전략적 파트너 관계다. 마크로젠의 DTC 유전자 검사 서비스 '젠톡'을 삼성전자의 '삼성 헬스' 플랫폼에 탑재하여, 갤럭시 사용자들에게 개인 맞춤형 건강관리 솔루션을 제공하는 등 긴밀하게 협력하고 있다. 삼성전자와는 2024년 7월 유전체 데이터 기반 헬스케어 서비스의 연구개발·사업화를 위한 업무협약을 맺었다. 양사는 젠톡 유전자검사 결과와 삼성 헬스의 라이프로그를 연동해 개인 맞춤형 건강관리 서비스를 추진한다고 밝혔다. 이는 젠톡의 소비자 접점을 넓히려는 협력이다. 테라젠이텍스테라젠이텍스와는 국내 유전체 분석 시장에서 오랜 기간 경쟁 관계를 형성해왔다. 특히 '국가 통합 바이오 빅데이터 구축 사업'과 같은 대규모 국가 프로젝트 수주를 두고 치열한 경쟁을 벌였다. PacBio와의 관계는 싱가포르 국가 정밀의학 프로그램에서 확인된다. PacBio는 2024년 Macrogen Asia Pacific이 롱리드 시퀀싱 생산을 수행한다고 발표했으며, 마크로젠의 아시아태평양 분석 거점이 대규모 정밀의료 프로젝트에 참여하는 사례다.

11.1주요 공시 및 뉴스

2026년 9월 9일 · 마크로젠, 공간생물학 분석 플랫폼 ‘Atera’ 아시아 최초 도입^[6] · 공간 정보와 유전자 발현을 함께 읽는 분석 역량을 송도센터 포트폴리오에 더했다.

2026년 8월 14일 · 반기보고서 (2026.06)^[7] · 연결 기준 상반기 매출 962억9,577만 원, 영업이익 1억8,894만 원, 당기순이익 34억7,250만 원을 공시했다.

2026년 6월 2일 · 마크로젠, 송도글로벌지놈센터 준공··· AI 정밀의료 글로벌 허브 본격 가동^[8] · 유전체 데이터 생산부터 AI 해석·임상 분석까지 연결할 자동화 분석 거점의 준공을 알렸다.

2026년 3월 24일 · 유전자 기반 AI 건강 솔루션 ‘젠톡’, 분석 항목 175종으로 확대^[9] · 젠톡 플러스의 분석 항목 확대와 진루트·젠톡 올인원 출시를 발표했다.

2026년 2월 20일 · 마크로젠, 흑자 기조 속 배당금 66.7% 상향… 분리과세 혜택 예상^[10] · 2025년 결산 기준 1주당 500원의 현금배당 결정과 본점 이전 계획을 함께 밝혔다.

11.2자료

마크로젠 공식 뉴스룸 및 금융감독원 전자공시시스템(DART).